El CONEACES cuenta con un órgano de dirección constituido por un directorio conformado por cinco expertos de reconocida trayectoria en el campo de la evaluación, acreditación y certificación, designados mediante resolución suprema refrendada por el Ministerio de Educación, previo proceso de selección en su entidad de origen: 

Dr. Edwin Binet Uribe Pomalaza
Presidente del CONEACES

Ing. Msc. Alberto Silva del Águila, Director Secretario.

Ing. Msc. Carlos Armando Aramayo Prieto, Director
(Presidente: Febrero - Octubre 2008)

Ing. Msc. Guillermo Javier Salas Donohue, Director

Ing. Victor Manuel Cerna Huarachi, Director